O modelo de tratamento (biopsicossocial) serve de base às diferentes fases do programa terapêutico. Este consiste na Fase I, na Fase II e, eventualmente no Apartamento de Reinserção. Cada uma destas fases tem objetivos e programas terapêuticos adequados, sendo que à medida que aumenta o tempo de tratamento e o residente evolui na fase do mesmo as restrições vão sendo menores, aumentando também o contacto com o exterior, e há uma aproximação à reintegração social, familiar e profissional/educacional do residente. Desta forma, a responsabilização do residente por si próprio é igualmente cada vez mais acentuada.
Como facilitador da perceção do utente acerca da sua evolução e das diferentes regras e objetivos, as diferentes fases ocorrem em diferentes espaços físicos, onde cada um faz o seu percurso de tratamento, no entanto, todos se encontram na mesma fase de tratamento.